Margarita Bego je 1990. godine diplomirala na Fakultetu za šumarstvo i drvnu tehnologiju Univerziteta u Zagrebu, gde je 2015. godine i doktorirala. Njeno stručno i naučno-istraživačko delo je usmereno na istraživanje svojstava drveta i drvenih konstrukcija, upotrebu drveta u konzervaciji i restauraciji, kao i mogućnosti njegove ponovne upotrebe.
Dobila je diplomu Bavarske zanatske komore za rad sa drvetom i prenos stručnog znanja kao multiplikatorka i bila je jedina žena iz Hrvatske koja je završila ovaj program. U svojoj profesionalnoj karijeri učestvovala je na brojnim stručnim i naučnim seminarima i konferencijama i objavljuje naučne članke iz oblasti istraživanja drveta i njegove upotrebe.
Zaposlena je na Univerzitetu u Dubrovniku, gde je za svoj rad sa studentima dvaput dobila nagradu Univerziteta u Dubrovniku. Trenutno vodi istraživački projekat BIOTRAG – Priče iz vode i vatre, u okviru kojeg zajedno sa saradnicima istražuje svojstva drveta izloženog požaru, kao i naplavnog drveta iz mora i reka s ciljem njegove ponovne upotrebe.
Sarađuje i na evropskim projektima usmerenim na održivu upotrebu prirodnih resursa, cirkularnu ekonomiju, kao i istraživanje i razvoj novih biokompozitnih materijala.